К событиям «Ледникового периода 3» жизнь главных героев мультфильма претерпела некоторые изменения.

Мамонты Манфред и Элли ожидают появление на свет своего детеныша; саблезубый тигр Диего впал в раздумье о том, не стал ли он слишком «мягкотелым» в компании своих друзей; ленивец Сид, бредя желанием создать собственное племя, решился украсть несколько яиц динозавра. Отправившись спасать Сида, друзья попадают в таинственный растительный мир, скрытый под толщами льда, где они сталкиваются с динозаврами и агрессивной окружающей средой, а также знакомятся с охотником на динозавров — лаской по имени Бак... Крысобелка Скрэт (который вновь случайным образом стал виной глобальной проблемы, открыв путь в мир динозавров) по-прежнему гоняется за своим орехом, но на этот раз у него появился конкурент — крысобелка Скрэтти. Между тем в ходе одержимой борьбы за орех эти двое влюбляются друг в друга...