История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по сдерживанию гигантских монстров. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и ультимативный кайдзю — трехголовый монстр Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, человечеству остается отойти в сторонку и постараться не погибнуть.