Проверка финансово-хозяйственной деятельности зеленоградского университета за 2021–2024 годы вскрыла ряд недостатков. Основная претензия — срыв сроков строительства общежития на Солнечной аллее.

Как сказано в отчете Счетной палаты России, опубликованном на ее сайте, бюджетные ассигнования в размере 947,9 млн рублей, выделенные на строительство общежития на 500 человек, были использованы неэффективно и до сих пор не привели к достижению результата, а фактическая стоимость объекта увеличилась на 63,1% (366,8 млн рублей). Из-за расторгнутых контрактов с подрядчиками объем дебиторской задолженности МИЭТа на 1 января 2025 года составлял 536,1 млн рублей.

Часть помещений МИЭТа сдавались в аренду заводу «Протон» без оформления договора, что повлекло недополучение доходов от аренды в бюджет на сумму 51,1 млн рублей.

Для организации дополнительных мест проживания студентов в оперативное управление МИЭТу были переданы 47 помещений в корпусе 856 кадастровой стоимостью 199 млн рублей. Однако по состоянию на 1 июня 2025 года эти площади были отражены в бухгалтерском учете вуза в условной оценке по одному рублю, что нарушает требования учета основных средств и приводит к неуплате налога на имущество (расчетно 4,3 млн рублей в год). Как отмечается в материалах Счетной палаты, корпус 856 не эксплуатируется, отключен от коммуникаций (нет электричества и воды, не работают лифты), общедомовые помещения и квартиры захламлены и находятся в антисанитарном состоянии, а переданные МИЭТу 47 жилых помещений находятся на разных этажах, что делает нецелесообразным их ремонт до передачи всех оставшихся помещений. Соответствующая работа проводится МИЭТом совместно с Минобрнауки России.

В рамках реализации на базе МИЭТа программы развития научно-технологического центра по изготовлению фотошаблонов с проектными нормами 90–65 нм в 2023–2024 годах вуз заключил договоры поставки специализированного импортного оборудования, в том числе с ООО «АУВИКС» на сумму 1,4 млрд рублей. Счетная палата выявила признаки вывода части аванса в размере 32,9 млн рублей с лицевого счета указанной компании под видом оплаты аренды помещений без их фактического использования.

Кроме того, Счетная палата выявила в университете Зеленограда факты выплат завышенной зарплаты родственникам одного из высокопоставленных сотрудников вуза за счет субсидий.